Thầy tu trẻ dòng Tên người Bồ Đào Nha Sebastião Rodrigues (dựa trên nguyên mẫu người Ý trong lịch sử là Giuseppe Chiara) được gửi đến Nhật Bản để cứu giúp các Giáo hội địa phương và điều tra các báo cáo rằng người thầy của mình, một thầy tu dòng Tên tên là Ferreira, dựa trên Cristóvão Ferreira, đã cam kết bỏ đạo. Ít hơn một nửa quyển sách là nhật ký bằng văn bản của Rodrigues, trong khi nửa còn lại của cuốn sách được viết hoặc bằng ngôi thứ ba, hoặc trong các thư từ của người khác gắn liền với câu chuyện. Cuốn tiểu thuyết liên quan đến những vụ xét xử các Kitô hữu và những khó khăn ngày càng tăng mà Rodrigues phải chịu đựng.

Cha Rodrigues và người đồng hành của ông, Cha Francisco Garrpe, tới Nhật Bản vào năm 1639. Ở đó, họ tìm thấy sự hoạt động ngầm của Thiên chúa giáo tại địa phương. Để phát giác các Kitô hữu ẩn danh, các quan chức an ninh ép các nghi phạm Kitô hữu đạp lên một fumie, một hình ảnh khắc thô sơ của Jesus. Những người phủ nhận bị cầm tù và bị giết bằng anazuri (穴吊り), cách thức mà người bị treo ngược trên một cái hố và từ từ chảy máu.

Rodrigues và Garrpe cuối cùng đều bị bắt và bị buộc phải chứng kiến các Kitô hữu Nhật Bản hy sinh mạng sống của mình cho đức tin. Không có vinh quang nào trong sự tử vì đạo của họ, như Rodrigues luôn nhầm tưởng – chỉ có sự tàn bạo và độc ác. Trước sự xuất hiện của Rodrigues, các nhà chức trách đã cố gắng ép buộc các linh mục phải từ bỏ đức tin của họ bằng cách tra tấn họ. Bắt đầu với Cha Ferreira, các quan chức an ninh tra tấn các Kitô hữu khác như những linh mục chứng kiến, nói với các linh mục rằng tất cả những gì họ phải làm là từ bỏ đức tin của họ để chấm dứt sự đau khổ của đàn chiên của họ.

Nhật ký của Rodrigues miêu tả cuộc đấu tranh của ông: ông hiểu nỗi đau khổ vì đức tin của mình; nhưng ông phải vượt qua chúng để đấu tranh, cho dù đó là tự gây sự chú ý và từ chối chối bỏ đức tin một cách không thương xót, khi mà nếu làm như vậy sẽ chấm dứt khổ đau của người khác. Tại đỉnh điểm, Rodrigues nghe thấy những tiếng rên rỉ của những người đã chối bỏ đức tin, nhưng vẫn còn ở trong hố, một khi ông chưa dẫm đạp lên hình ảnh của Chúa. Khi Rodrigues nhìn vào một fumie, Chúa đã phá vỡ sự im lặng trong ông:

“Cậu có thể giẫm lên nó. Cậu có thể giẫm lên nó. Tôi biết rõ hơn bất kì ai nỗi đau của bàn chân cậu. Cậu có thể giẫm lên nó. Vì phải bị giẫm đạp bởi những con người mà tôi được sinh ra trên thế giới này. Vì phải chia sẻ nỗi thống khổ của loài người mà tôi mang cây thập tự của mình.”

Rodrigues đặt bàn chân của ông lên fumie, và câu chuyện được giả định là các Kitô hữu đã được thả, mặc dù tiểu thuyết không đưa ra quyết định trực tiếp liên quan đến số phận của họ.